维吾尔族信仰伊斯兰教，至今保持着宗教礼拜的习俗。他们每天要做5次礼拜（妇女不做礼拜），分别在黎明、中午、下午、黄昏和夜晚。平时礼拜一般在自己的家里做，也有到清真寺去做的。每周五午后在清真寺举行一次集体“主麻拜”。每年分别在肉孜节和古尔邦节举行两次会礼，并且在斋月的每个夜晚都要做礼拜。在礼拜之前，必须淋浴，称为“大净和小净”。大净要洗全身，小净只洗手、脚、脸，摸头、净一下即可。用水擦洗叫“水净”。在没有水的地方，可以土代净，即把两手在地面上拍一拍，摸摸脸，搓搓手，也表示了“净”的意思。

　　为什么在做礼拜前要进行“大净”、“小净”呢？据宗教的说法人是污秽的，真主是圣洁的，做礼拜的人只有把身上洗净，才表示对真主的虔诚，真主才能接受其跪拜。许多维吾尔族人虽然不做礼拜，但保持了“大净”和“小净”的良好习惯，这是符合卫生要求的。

　　在清真寺做礼拜是件严肃的事情，在进入大殿之前，必须脱鞋，不许擤鼻子、吐痰、放屁。参加礼拜的人必须戴帽子，面朝圣地麦加的方向跪在地毯或毡子上，由身着传统教服、头戴伊斯兰帽的伊玛目（教长）带领做站立、赞颂、鞠躬、叩头、跪坐等动作。然后聆听伊玛目宣讲教义。礼拜毕，大家相互问候之后，便一一离去。

　　为了使信仰伊斯兰教的维吾尔族群众礼拜方便，除了在喀什有学府性质的艾提尕尔清真寺之外，在每个城市都有较大的清真寺。在城市和城镇以及巷子中也有规模较小的清真寺。这些清真寺，有的有编制，有的无编制，主要是为教徒做礼拜方便。除此以外，在野外的戈壁滩或公路旁，也有用土墙围起来的清真寺，维吾尔人称“依登米吉提”（孤独的清真寺）。这种清真寺无人管理，主要是给上路的人提供祈祷的方便。但有时，到了做“乃玛孜”（祈祷）的时候，无任何清真寺，他们就席地而跪，面朝西方认真地进行祈祷，完成自己的功修。

　　新疆信仰伊斯兰教的哈萨克、回、塔塔尔、乌孜别克、柯尔克孜等民族，都保持着他们的宗教礼俗，也都参加礼拜活动。